miRNA 是一個小片段的核酸，其主要功能就是抑制蛋白質的轉錄。
miRNA在成熟前的序列是hairpin的結構，在dicer的作用下，pre-miRNA會被切成小片段，將原本hairpin的結構切斷，進而變成mature miRNA。由於pre-miRNA是高度折疊的構造，我們可以從序列的折疊性判斷出是否有可能稱為miRNA，晚點會介紹有哪些網路上可以使用的工具。
miRNA有一個缺點，就是不一定會與target mRNA perfect match，所以從這個特性中可以了解到miRNA的專一性不高。
由於miRNA是阻斷mRNA轉錄成蛋白質，所以miRNA有一個重要的特性，即會降低蛋白質的表現量，但是卻不會影響目標mRNA的表達量。當mRNA的量保持不變或有上升的趨勢時，理應上升的蛋白質表現量卻下降了，藉此可以懷疑有miRNA的介入。（如上圖所示）
miRNA的介紹就先到這！接下來開始介紹幾個好用的網站。
1. RNAfold - 序列折疊程式
你就會看到下圖的等待頁面，這個頁面很貼心的告訴你有多少人排隊等待結果，但是用了幾次後，發現好像沒幾個人在用這個工具，似乎只需要等待幾秒鐘就可以看到分析結果了。
以這條序列為例：事實上是我亂打的XD
agcugugucgauguguagcgacguacuguaccgaucguacguacguagugcuagcuaggcguacgauca
讓程式執行過後，輸出的結果如下圖：
可以看到圖中有"((..((((((..."的符號出現，這是利用符號讓使用者知道其配對的情況（這個有點難為什麼不用直接圖解就好=.=)
好啦，圖解版在下方，上面那段就忘掉吧~
圖解就好看多了對吧~~~
我亂打的序列配起來還不賴嘛！
對於miRNA來說，配對的情況越好，就越可能形成miRNA（應該是這樣XD）
EPS：輸出成.eps的檔案，用途不明
PDF：輸出成.pdf的文檔...我知道是廢話....就是pdf啦沒什麼好說的，不是彩圖
IMAGE CONVERTER：輸出成 .png & .gif 圖檔
FORNA：輸出成一個有點莫名的東西，動態圖..自己玩玩看吧~不知道意義在哪=.=
最後呢，有一個能量圖給使用者參考。對物理不是很在行，不知道怎麼看，當然不知道怎麼用，所以....就這樣吧。
RNAfold 就介紹到這邊！
2. miRBase - miRNA Database
這是其中一個miRNA的資料庫，裡面裝有許多的miRNA基本檔案。
下圖為首頁，如果知道有哪些miRNA，就直接在搜尋欄中搜尋即可。這裡以一個新手的角度去了解這個網站的運作。首先，新手一定不知道miRNA的名字是什麼！網站這裡很貼心地告訴新手miRNA的名稱到底長什麼樣子。
按下最右邊的 "Example" 就會告訴使用者 miRNA 的名稱應該是長什麼樣子的。
過後呢直接按 "Go" 就可以搜尋到使用者想要的miRNA的資料了。
以 "mir-181a" 這個 miRNA 來說，搜尋的結果如上圖所示，資料庫中有73筆資料，下方列出了所有找到的資料。
點擊第一筆資料為例，可以看到該miRNA的詳細資料，如物種及序列等資訊，點擊最下方的 "Get sequence" 就可以得到該miRNA的 FASTA sequence。
3. miRTarBase - miRNA Target Base (似乎是交通大學的網頁）
跟miRBase是一樣的性質，只是界面有些不同。
下圖是首頁，一樣有新手使用的路徑XD
這邊以hsa-mir-377這個miRNA為搜尋條件（hsa是指人類的意思，P.S: miRNA在人類系統內研究較為透徹）
點擊其中一個鏈接後，可以看到該miRNA的詳細資料（個人覺得比miRBase詳細），如下圖中綠色標記的miRNA名稱、與哪些疾病相關、miRNA的序列、有哪些target sequences等。
4. RNA22 - Target sequence prediction
這個網頁可以將同時將多個miRNA與target sequence做預測。
下圖為其執行前頁面，紅色框框內可以選著例子，或者是直接在格子內輸入自己的miRNA以及目標sequence。
輸入完畢後，視自己的需求修改下方的參數設定，若沒有什麼修改則直接點選"submit"即可。
如下圖所示，預測會出現兩個miRNA binding sequences，分別是在289及1288的位置。
miRNA的分析工具大致上介紹到這..覺得累 Zzzzz....
